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共 186 個系所（論文少於 10 篇者未列出）。點欄位標題可排序，點系所名稱可看該系所的教授排名。系所名稱依論文系統的記載，改名前後會分成不同列，可用「最近畢業」欄判斷是否仍在使用。

#系所學院論文數碩士中位數在職專班中位數博士中位數碩士平均在職專班平均博士平均最近畢業
資訊科學與工程研究所資訊學院23082.10—7.062.36—7.30115
電子研究所電機學院20842.25—6.062.44—6.17115
電信工程研究所電機學院17252.09—6.982.31—7.17115
機械工程系所工學院13432.10—5.922.28—5.94111
電控工程研究所電機學院12712.24—6.402.46—6.56115
土木工程研究所工學院10342.10—7.822.31—7.85112
光電工程研究所電機學院9982.09—5.302.21—5.56111
電子工程學系 電子研究所電機學院9762.13—6.062.34—6.00105
應用化學系碩博士班理學院9092.08—5.462.18—5.83112
材料科學與工程學系所工學院8812.08—5.562.26—6.03111
電子物理系所理學院8492.03—5.342.31—5.62111
電機工程學系電機學院7522.36—5.682.56—5.97115
運輸與物流管理學系管理學院7212.03—7.882.20—7.52115
經營管理研究所管理學院7181.94—7.112.07—7.48115
工業工程與管理系所管理學院6911.96—6.932.08—6.79112
網路工程研究所資訊學院6812.08——2.30——115
管理學院高階主管管理碩士學程管理學院619—1.85——1.92—111
資訊管理研究所管理學院6141.98—6.392.17—6.81115
多媒體工程研究所資訊學院6032.23——2.52——115
生物科技學系生物科技學院5412.18—6.112.56—6.47115
生物醫學工程學系生物醫學暨工程學院5362.05—7.222.19—7.30115
財務金融研究所管理學院5161.94—5.962.09—6.47111
生化暨分子生物研究所生命科學院4372.04—7.032.13—7.31114
管理科學系所管理學院4371.93—5.882.00—6.47111
生醫工程研究所電機學院4362.25——2.53——113
管理學院管理科學學程管理學院403—1.94——2.38—111
光電系統研究所光電學院3932.23——2.46——115
科技法律研究所科技法律學院3833.52—8.143.63—7.95115
機械工程學系工學院3802.29—5.512.54—5.90115
生物醫學資訊研究所醫學院3782.06—7.072.38—7.05115
生命科學系暨基因體科學研究所生命科學院3732.06—7.382.22—7.26115
醫務管理研究所醫學院3712.022.03—2.132.33—115
公共衛生研究所醫學院3632.04—6.262.37—6.60115
臨床醫學研究所醫學院3622.053.026.862.373.306.88115
照明與能源光電研究所光電學院3622.25——2.50——115
影像與生醫光電研究所光電學院3502.23——2.49——115
物理研究所理學院3482.17—7.042.50—6.83115
生物醫學影像暨放射科學系生物醫學暨工程學院3482.06—6.062.32—6.37114
環境工程系所工學院3432.09—5.542.29—5.85111
統計學研究所理學院3431.94—6.382.03—6.50115
光電工程學系電機學院3382.21—5.662.40—5.39115
微生物及免疫學研究所生命科學院3362.06—6.892.19—6.98115
科技管理研究所管理學院3362.00—6.442.26—6.75115
教育研究所人文社會學院3333.19—5.983.53—6.51115
生醫光電研究所生物醫學暨工程學院3262.05—4.992.22—5.29115
物理治療暨輔助科技學系生物醫學暨工程學院3252.067.067.012.457.546.94115
分子醫學與生物工程研究所生物科技學院3182.14—6.032.55—6.28115
應用藝術研究所人文社會學院3173.48—8.103.66—8.15115
國際半導體產業學院國際半導體產業學院3172.32—4.832.43—5.01115
傳播研究所人文社會學院3142.97——3.12——115
企業管理碩士學程管理學院3081.98——2.16——112
醫學生物技術暨檢驗學系生物醫學暨工程學院3052.05—6.542.13—6.32115
應用數學系所理學院3011.98—5.972.30—5.96111
管理學院經營管理學程管理學院293—1.93——2.02—111
管理學院資訊管理學程管理學院291—1.98——2.19—111
管理學院工業工程與管理學程管理學院289—2.10——2.92—111
應用化學系理學院2812.09—5.152.24—5.31115
腦科學研究所醫學院2782.06—5.632.46—6.01115
建築研究所人文社會學院2763.83——3.41——115
土木工程學系工學院2752.05—7.332.28—7.30115
護理學系護理學院274—3.667.06—4.097.18115
生物資訊及系統生物研究所生物科技學院2722.24—6.092.64—6.53115
電子物理學系理學院2632.05—5.662.31—5.80115
材料科學與工程學系工學院2612.07—5.312.24—5.69115
數據科學與工程研究所資訊學院2472.20——2.48——115
電機資訊國際學程電機學院2462.46—5.672.64—5.78111
音樂研究所人文社會學院2383.25——3.50——115
藥理學研究所醫學院2352.06—6.042.17—6.25115
管理學院科技管理學程管理學院235—1.98——2.73—111
理學院科技與數位學習學程理學院230—1.96——2.47—111
理學院應用科技學程理學院228—2.05——2.70—111
工學院產業安全與防災學程工學院224—3.00——3.59—111
神經科學研究所生命科學院2212.52—7.072.70—7.24115
生理學研究所醫學院2142.07—7.072.43—7.28114
管理學院財務金融學程管理學院212—1.94——2.16—111
管理學院運輸物流學程管理學院210—2.03——2.22—111
衛生福利研究所醫學院2062.53—8.062.94—8.19115
資訊學院資訊學程資訊學院204—3.10——3.74—111
工業工程與管理學系管理學院1972.02—5.752.12—6.53115
科技法律研究所碩士在職專班科技法律學院176—4.12——4.42—114
工學院半導體材料與製程設備學程工學院175—3.51——4.06—111
環境與職業衛生研究所醫學院1742.03—5.802.10—6.76115
高階主管管理碩士學程管理學院173—1.86——2.00—115
應用化學系分子科學碩博士班理學院1712.09—5.582.31—5.62111
臨床護理研究所護理學院1713.07—3.893.61—3.89115
材料科學與工程學系奈米科技碩博士班工學院1662.08—4.942.19—5.33111
前瞻半導體研究所產學創新研究學院1592.40—4.222.49—4.20115
資訊管理與財務金融學系財務金融管理學院1581.97—6.392.13—6.93115
解剖學及細胞生物學研究所醫學院1542.68——2.80——115
社會與文化研究所人文社會學院1524.07—8.134.19—7.86114
傳統醫藥研究所醫學院1512.02—6.062.40—6.19114
工學院精密與自動化工程學程工學院146—3.08——3.86—111
工學院工程技術與管理學程工學院146—4.09——4.41—111
生物藥學研究所藥物科學院1442.04—7.282.12—6.64114
電機學院電機與控制學程電機學院143—3.85——3.87—112
國際衛生碩士學位學程醫學院1361.93—5.181.99—6.27114
口腔生物研究所牙醫學院1332.06—5.452.15—5.78114
客家文化學院客家社會與文化學程客家文化學院130—2.94——3.38—111
光電學院光電科技學程光電學院128—2.92——3.46—110
外國語文學系外國文學與語言學碩士班人文社會學院1253.60——3.92——111
臨床暨社區護理研究所(103)護理學院1203.51——3.82——108
牙醫學系牙醫學院1143.04—5.733.01—6.04114
智能系統研究所產學創新研究學院1122.23——2.46——115
運輸與物流管理學系交通運輸管理學院1122.05——2.32——115
管理科學系管理學院1101.98—6.232.13—5.89115
英語教學研究所人文社會學院1054.40——4.58——115
人工智慧技術與應用碩士學位學程電機學院972.21——2.43——115
電機學院碩士在職專班電機學院97—3.52——3.87—115
應用數學系數學建模與科學計算碩士班理學院952.05——2.46——111
分子醫學博士學位學程生命科學院94——6.48——6.34115
管理學院專班-管理科學學程管理學院91—1.97——2.10—115
環境工程研究所工學院912.07—6.562.24—6.57115
工學院聲音與音樂創意科技碩士學位學程工學院902.34——2.65——109
顯示科技研究所電機學院892.08——2.28——104
急重症醫學研究所醫學院874.64—5.365.02—5.23115
智慧醫電工程研究所電機學院872.54——2.72——115
生物藥學研究所(103)生命科學院862.06—6.492.18—6.25104
智慧計算與科技研究所智慧科學暨綠能學院862.17——2.46——115
工學院永續環境科技學程工學院81—4.59——4.59—108
電機學院電子與光電學程電機學院80—4.02——4.27—111
電機學院電信學程電機學院80—3.67——4.12—111
工學院專班-產業安全與防災學程工學院78—2.92——3.30—115
管理學院專班-經營管理學程管理學院77—1.90——2.01—114
企業管理碩士學位學程管理學院771.99——2.18——115
管理學院專班-工業工程與管理學程管理學院76—2.01——2.44—115
生技醫療經營管理碩士在職學位學程生命科學院72—1.95——2.40—114
社區健康照護研究所護理學院712.50——3.15——114
應用數學系理學院701.98—4.972.27—5.85115
管理學院專班-運輸物流學程管理學院70—1.95——2.11—114
食品安全及健康風險評估研究所藥物科學院692.00——2.23——115
智慧系統與應用研究所智慧科學暨綠能學院682.63——2.77——115
平面顯示技術碩士學位學程工學院673.86——4.53——106
智慧與綠能產學研究所智慧科學暨綠能學院672.50——2.76——115
科技與社會研究所人文與社會科學院664.01——3.95——114
工學院加速器光源科技與應用學位學程工學院662.09—5.472.47—5.53111
管理學院專班-財務金融學程管理學院66—2.45——2.83—115
管理學院專班-科技管理學程管理學院66—2.01——2.34—115
理學院碩士在職專班-應用科技組理學院66—2.01——2.54—115
電機資訊國際碩士學位學程電機學院與資訊學院642.40——2.65——115
客家學院傳播與科技學系碩士班客家文化學院632.61——2.78——111
工學院專班-半導體材料與製程設備學程工學院63—3.10——3.75—115
機器人碩士學位學程工學院622.51——2.76——115
工學院專班-工程技術與管理學程工學院62—3.04——3.53—115
人文社會學系族群與文化碩士班客家文化學院613.97——4.22——111
資訊學院碩士在職專班資訊學院60—3.71——4.03—115
管理學院專班-資訊管理學程管理學院58—1.93——2.09—115
藥學系藥物科學院572.00——2.01——115
理學院碩士在職專班-科技與數位學習組理學院55—2.08——2.93—115
運輸與物流管理學系物流管理管理學院552.03——2.15——115
永續化學科技國際研究生博士學位學程理學院53——5.78——5.80114
心智哲學研究所人文與社會科學院513.06——3.35——115
應用化學系分子科學理學院502.10—5.032.31—7.62115
工學院專班-精密與自動化工程學程工學院49—3.63——3.96—115
客家社會與文化碩士在職專班客家文化學院48—3.92——4.14—114
工學院機器人碩士學位學程工學院472.27——2.49——111
材料科學與工程學系奈米科技工學院452.13——2.27——115
傳播與科技學系客家文化學院432.91——2.86——115
外國語文學系外國文學與語言學人文藝術與社會學院373.04——3.59——115
資訊安全研究所資訊學院372.19——2.57——115
電機資訊國際博士學位學程電機學院與資訊學院34——6.88——6.40114
公共衛生碩士學位學程醫學院322.06——2.51——114
跨專業長期照顧與管理碩士學位學程校級312.90——2.98——114
資訊學院國防資安管理碩士在職專班資訊學院27—2.42——2.85—111
國防資安管理碩士在職專班資訊學院26—4.75——4.42—115
應用數學系數學建模與科學計算理學院261.98——2.34——115
光電學院博士班光電學院24——5.92——5.71115
電機學院博士班電機學院23——5.24——5.44115
科技犯罪偵查資通訊碩士在職專班資訊學院23—2.27——2.40—115
資電亥客與安全碩士學位學程資訊學院222.10——2.10——111
國際半導體越南境外專班國際半導體產業學院212.17——2.59——115
視覺文化研究所人文與社會科學院204.05——4.29——114
資通安全碩士學位學程資訊學院182.09——2.40——112
生醫科學與工程博士學位學程生物科技學院17——6.76——7.21114
亞際文化研究國際碩士學位學程(台灣聯合大學系統)人文藝術與社會學院174.45——4.77——114
亞際文化研究國際碩士學位學程(臺灣聯合大學系統）人文社會學院163.19——3.60——111
跨領域神經科學國際研究生博士學位學程生命科學院16——5.89——6.24114
光電系統博士學位學程光電學院15——4.51——5.05109
資訊學院數位圖書資訊學程資訊學院14—6.00——5.40—104
人文社會學系族群與文化客家文化學院144.90——4.51——114
跨領域分子醫學碩士學位學程生命科學院141.95——2.11——114
太空系統工程研究所工學院142.04——2.12——115
光電系統研究所碩士在職專班光電學院12—4.07——3.71—115
跨領域分子科學國際碩士學位學程理學院112.49——2.48——111
照明與能源光電博士學位學程光電學院10——6.49——6.19109
口腔組織工程暨生技材料研究所牙醫學院102.03——2.12——114
光電博士學位學程(台灣聯合大學系統)電機學院10——5.63——5.77114