洪瑞鴻

Hung, Jui-Hung・資訊學院・網路工程研究所、資訊科學與工程研究所、多媒體工程研究所

碩士平均畢業時長

2.58 年

中位數 2.49 年・35 人

在職專班平均畢業時長

3.37 年

中位數 3.37 年・1 人

收錄論文

38 篇

102–114 學年度

全校中位數（供對照）

碩士 2.10・在職專班 2.08 年

畢業時長趨勢

每學年度畢業人數

只計入有論文收錄的畢業生；中途休學或更換指導教授的學生不會出現在這裡。

研究關鍵字

次世代定序第三代定序NGSMachine LearningNext-generation sequencing機器學習RNA-SeqNew psychoactive substancesdeep learningThird-generation Sequencing序列排比器DNARNAAlignermiRNAFM-index電子撞擊質譜深度學習模型自動化衍生物列舉automated derivative enumerationscRNA-Seqthird generation sequencing轉錄本表達量FM index深度學習核醣核酸測序排比器BWTEpigenetics高通量定序小分子核糖核酸next generation sequencing轉錄因子增強子Enhancer總體基因體學分類學分類階層式分析流程適應性索引建構基於比對式演算法MetagenomicsMetagenomics taxonomic classificationHierarchical analysis pipelineAdaptive index constructionAlignment-based algorithm隱私連結個體資料基因組表型多基因分數

想看最新的研究方向與計畫經費，也可以查政府研究計畫（GRB）。

指導論文

學年度	論文	學制	入學	提交日期	畢業時長
114	基於救援比對機制之階層式總體基因體分類流程 A Rescue Alignment-Based Hierarchical Pipeline for Metagenomic Classification 網路工程研究所總體基因體學、分類學分類、階層式分析流程、適應性索引建構、基於比對式演算法、Metagenomics、Metagenomics taxonomic classification、Hierarchical analysis pipeline、Adaptive index construction、Alignment-based algorithm	碩士	112	2026-06-04	2.84 年
114	利用多基因分數重建個人資料連結之可行性與限制評估 Feasibility and Limitations Assessment of Polygenic Score-Based Profile Linkage Reconstruction 資訊安全研究所隱私、連結個體資料、基因組、表型、機器學習、多基因分數、Privacy、Genomics、Phenotype、Profile Linkage、Machine Learning、Polygenic Score	碩士	112	2026-04-20	2.72 年
114	基於模組化分解之合成類大麻 EI-MS 自動化結構重建 Automated EI-MS Reconstruction of Synthetic Cannabinoids Using Modular Decomposition 資訊科學與工程研究所新興精神活性物質、合成類大麻、電子撞擊質譜、深度學習模型、分子重建、反應位點預測、自動化衍生物列舉、New psychoactive substances、synthetic cannabinoids、electron ionization mass spectrometry、deep learning、molecular reconstruction、reactive-site prediction、automated derivative enumeration	碩士	112	2025-12-17	2.38 年
113	適用於跨物種單細胞數據分析的低資源高效能 Transformer 模型 Low-Resource High-Performance Transformer Model for Cross-Species Single-Cell Data Analysis 網路工程研究所 scRNA-Seq、Transformer、細胞嵌入、自監督式學習、跨物種、Cell Embedding、Self-supervised Learning、Cross-species	碩士	110	2025-03-17	3.62 年
113	基於化學語言模型的多類新型精神活性物質預判系統 Predictive System for Multiple Categories of New Psychoactive Substances Using Chemical Language Models 資訊科學與工程研究所新型精神活性物質、化學語言模型、電子撞擊質譜、自動化衍生物列舉、深度學習模型、New Psychoactive Substances、Chemical Language Model、Electron Impact Mass Spectrometry、Automated Derivative Enumeration、Deep Learning Model	碩士	111	2025-03-17	2.63 年
113	基於偏序圖之新型Wavefront演算法於高效共識序列生成之應用 A Novel Wavefront Algorithm on Partial Order Graph for Efficient Consensus Sequence Generation 多媒體工程研究所第三代定序、錯誤更正、共識序列、偏序圖排序、波前演算法、Third-generation Sequencing、Error Correction、Consensus Sequence、Partial Order Graph Alignment、Wavefront Algoritm	碩士	111	2025-02-14	2.54 年
113	基於自動微分變分推斷的單細胞基因表達量推測改進⽅法 Improved Single-Cell Gene Expression Quantification Using Automatic Differentiation Variational Inference 網路工程研究所單細胞轉錄組分析、基因表達量、機器學習、自動微分變分推斷、Single-cell transcriptomics、gene expression、machine learning、Automatic Differentiation Variational Inference (ADVI)	碩士	110	2025-01-23	3.48 年
112	整合表觀遺傳特徵之染色質結構預測模型 Integrative Modeling of Epigenetic Landscapes for Enhanced Prediction of Chromatin Structures 數據科學與工程研究所染色質結構預測、多任務學習、CNN-Transformer 框架、虛擬表觀遺傳體、電腦模擬擾動 Hi-C 實驗、Chromatin structure prediction、Multi-task Learning、CNN-Transformer Framework、Virtual Epigenome、In silico perturbational Hi-C experiments	碩士	110	2024-06-19	2.88 年
112	第三代定序資料之穩健變異感知錯誤更正演算法 Robust Variant-Aware Self Error-Correction Algorithm for Third-Generation Sequencing Data 資訊科學與工程研究所第三代定序、長讀取、錯誤更正演算法、組裝演算法、基因體組裝、Third-generation sequencing、long read、read correction algorithm、assembly algorithm、genome assembly	碩士	110	2024-05-02	2.75 年
112	基於重複元素感知之長序列重疊檢測演算法 Repetitive Elements-Aware Overlap Detection for Long-Read Sequencing 多媒體工程研究所第三代定序、重複元素、重疊偵測、序列排比器、序列錯誤校正、third generation sequencing、repetitive elements、overlap detection、sequence aligner、read error correction	碩士	109	2023-10-02	3.17 年
112	適用於線性與圖形參考基因組之平行誘導 k-ordered FM Index 及序列排比演算法 Parallel Induced Sort-based k-ordered FM Index and Alignment Algorithm for Linear and Graph Reference Genomes 資訊科學與工程研究所 DNA-Seq、索引、種子錯位、誘導排序、k 排序、indexing、misplaced anchor、induced sort、k-ordered	碩士	110	2023-08-25	2.06 年
111	基於轉錄異構體特徵之表達量化估計方法 Estimating transcript abundance based on isoform traits 資訊科學與工程研究所 RNA-Seq、轉錄本表達量、表達量量化、線性規劃、獨特區間、transcript abundance、transcript quantification、linear programming、unique region	碩士	109	2023-02-05	2.51 年
111	階層式線性以及序列對圖混成排比器 A Hierarchical hybrid aligner using linear and graph genomes 資訊科學與工程研究所次世代定序、序列排比器、FM index、序列對圖排比、DNA、RNA、Next-generation sequencing、NGS、Aligner、Sequencing to graph aligner	碩士	109	2022-11-10	2.28 年
111	基於亞群結構制約之精確單細胞基因表現量化方法 Reliable and accurate gene expression quantification of single-cell RNA sequencing with a subpopulation structure-aware constraint 資訊科學與工程研究所基因定量、機器學習、單細胞分析、Single-cell RNA-seq、Gene quantification、Machine learning	碩士	109	2022-10-27	2.24 年
110	適用於次世代及第三代定序之快速且高效排比器 BlowtorchR: A Fast and Efficient Aligner for Both Second- and Third-Generation Sequencing 資訊科學與工程研究所次世代定序、第三代定序、序列排比器、FM index、DNA、RNA、second-generation sequencing、next-generation sequencing、NGS、third-generation sequencing、TGS、aligner、mapper	碩士	108	2022-01-19	2.47 年
110	轉錄本表達量量化演算法之變數評估及其模型改良 Assessment of variables and improvement of models in algorithms of transcript expression quantification 資訊科學與工程研究所轉錄本表達量、RNA-Seq、EM 演算法、等價類、新生 RNA、多重映射、亂度、transcript expression level、EM algorithm、equivalence class、nascent RNA、multi-mapping、entropy	碩士	108	2022-01-09	2.44 年
110	基於 Profile HMM 的第三代定序之長序列錯誤自更正演算法 A Profile HMM-Based Error Self-Correction Algorithm for Third Generation Sequencing Long Reads 資訊科學與工程研究所第三代長定序、錯誤自更正演算法、Self-Correction Algorithm、Long Reads	碩士	107	2021-10-05	3.18 年
109	基於transformer架構預測高解析度三維染色體結構 High-Resolution Prediction of Chromatin Conformation Using a Transformer-Based Architecture 數據科學與工程研究所染色體三維結構、Hi-C、次世代定序、自然語言處理、深度學習、Chromosome Conformation、Next-Generation Sequencing、Natural Language Processing、Deep Learning	碩士	108	2021-09-02	2.09 年
109	以模擬基準揭露影響 RNA-Seq 基因表達分析準確性之隱藏變因 Simulated Benchmarks Reveal Hidden Variables Affecting the Accuracy of Gene Expression Analysis by RNA-Seq 資訊科學與工程研究所核醣核酸測序、轉錄本表現量、差異表達分析、評比基準、分析流程、RNA-seq、transcript expression、differential expression analysis、evaluation benchmark、analysis pipeline	碩士	107	2021-07-23	2.98 年
109	使用階層式圖形FM索引排比易錯長序列 Aligning error-prone long reads with the hierarchical graph FM-Index 資訊科學與工程研究所階層式對圖排比器、第三代定序、hierarchical graph FM-Index、third generation sequencing	碩士	107	2021-04-02	2.67 年
109	使用現代C++開發之次世代定序資料處理與分析函式庫 A modern C++ NGS data processing and analysis library 資訊學院資訊學程次世代定序函式庫、現代C++、次世代定序分析、NGS Library、Modern C++、NGS Analisys	碩士在職專班	106	2020-12-13	3.37 年
109	以組織基因表達數據推算干擾下癌症細胞亞群的變化及可能療法之研究 Inference of subpopulation dynamics in bulk gene expression profiles upon perturbation reveals insights in cancer therapeutics 網路工程研究所單細胞定序、細胞亞群、癌症、基因表達、scRNA-seq、L1000、cell population、cancer	碩士	107	2020-11-26	2.32 年
109	基於Transformer-CNN架構生成衍生藥物質譜之未知濫用藥物之預判系統 A Prediction System for Unknown Drugs of Abuse Based on Computationally Composed Mass Spectra of Drug derivatives by the Transformer-CNN Architecture 數據科學與工程研究所質譜法、新興影響精神活性物質、深度學習、Mass Spectrometry、New Psychoactive Substances、Deep Learning	碩士	107	2020-10-19	2.22 年
109	自動化全基因體致病突變點位分類器 An automated whole-genome pathogenic mutation classifier 生物資訊及系統生物研究所・共同指導：林勇欣變異分類器、mutation classifier	碩士	106	2020-01-29	2.49 年
108	開發微小干擾核糖核酸修剪與附尾機制之分析與視覺化系統 Developing an Interactive Visualization and Analytic System for Studying Trimming and Tailing of miRNAs 資訊科學與工程研究所微小核糖核酸、修剪與附尾、微小核糖核酸分析工具、miRNA、Trimming and Tailing、miRNA analysis system	碩士	106	2020-06-21	2.89 年
108	適用於第三代定序之高精確與高效能長定序序列排比器 A Highly Precise and Efficient Long Read Aligner for the Third-Generation Sequencing 網路工程研究所第三代定序、長定序序列、排比器、the third-generation sequencing、long lead、aligner、FM-index、mapping、alignment、Burrows-wheeler transform、BWT、Kart、Minimap2、SMRT	碩士	106	2020-03-16	2.62 年
108	全基因體定序之變異偵測流程最佳化 Optimization of the Variant Calling Workflow for Whole Genome Sequencing 資訊科學與工程研究所次世代定序、變異位點偵測、GATK最佳實踐、硬體實作、Next-Generation Sequencing、Variant Calling Workflow、GATK HaplotypeCaller、Hardware Implementation	碩士	106	2019-11-20	2.30 年
108	使用模擬RNA-Seq序列評估基於基因體之轉錄體組裝演算法之成效基準之改良 Improved Benchmarks for Genome-Based Transcriptome Assembly Algorithms from Simulated RNA-Seq Reads 資訊科學與工程研究所核醣核酸測序、RNA-seq	碩士	106	2019-10-12	2.20 年
106	利用深度學習預測遠距離染色質間交互作用 Predicting long-range chromatin-chromatin interactions by deep learning 生物資訊及系統生物研究所・共同指導：鐘育志機器學習、卷積神經網路、遞歸神經網絡、拓撲結構域、拓撲相關結構域、染色質亞結構、表觀遺傳學、Machine Learning、Convolution Neural Network、CNN、Recurrent Neural Network、RNN、Topology Associated Domains、TAD、Epigenetics	碩士	104	2018-04-25	2.73 年
106	適用單端與雙端次世代定序之全自動智慧配接器偵測演算法 Fully automatic intelligent adapter detection and trimming algorithm for single and paired-end NGS reads 生物資訊及系統生物研究所次世代定序、配接器、Next-Generation Sequencing、adapter	碩士	104	2017-09-03	2.09 年
105	使用高通量定序測小RNA及mRNA降解率計算分析方法 A Computational Method of Measuring Degradation Rate of miRNA and mRNA Using High Throughput Sequencing 生醫工程研究所高通量定序、信使核糖核酸、排比器、降解率、小分子核糖核酸、NGS、next generation sequencing、RNA、miRNA、FM-index	碩士	103	2016-08-15	2.04 年
105	基於去氧核醣核酸與組蛋白之修飾特徵識別轉錄因子之功能 Systematic Identification of novel functional roles of transcription factors based on DNA features and histone codes 生物資訊及系統生物研究所轉錄因子、增強子、組蛋白修飾、去氧核醣核酸、Transcription factor、Enhancer、Histone modification、DNA	碩士	103	—	無法計算
105	開發基於K-means-pHMM 機器學習演算法之交聯免疫沈澱法高通量定序的泛用分析框架 A General CLIP-Seq data analysis framework based on a K-means-pHMM learning and clustering algorithm 生物資訊及系統生物研究所高通量定序、CLIP-Seq、核糖核酸結合蛋白、小分子核糖核酸、非監督式機器學習、Profile 隱藏馬可夫模型、NGS、HIT-CLIP、PAR-CLIP、iCLIP、RNA-binding protein、Profile HMM、Machine learning	碩士	103	—	無法計算
104	微小干擾核糖核酸與人類Argonaute蛋白質之類化分析 Analysis of miRNA sorting signals in different human Argonaute proteins 生物資訊及系統生物研究所微小干擾核糖核酸、類化、miRNA、sorting、Argonaute、AGO	碩士	102	2015-08-31	2.08 年
103	應用主成分分析於老鼠胚胎幹細胞免疫沈澱定序資料揭示轉錄因子與組蛋白修飾標記在特定區域的顯著關係 A Domain Constrained Principal Component Analysis of ChIP-Seq Data Reveals Significant Association between Transcription Factors and Histone Marks in Mouse Embryonic Stem Cells 生物資訊及系統生物研究所增強子、全基因、表徵遺傳學、轉錄因子、主成分分析、epigenetics、enhancer、Principal Component Analysis	碩士	101	2015-01-29	2.49 年
103	基於次世代定序資料偵測小沉默核醣核酸上的非範本附尾修飾的高效排比器 A fast and accurate aligner for detecting non-templated tailing in small silencing RNAs by next generation sequencing 生物資訊及系統生物研究所次世代定序、小沉默核醣核酸、非範本附尾修飾、NGS、Small silencing RNA、non-templated tailing、Tailor、BWT、alingment	碩士	100	2015-01-27	3.49 年
103	高度可平行化的長片段生物序列之FM-index變體 A highly parallelizable FM-index variant for long biological sequences 生物資訊及系統生物研究所次世代定序、FM-index、Ferragina-Manzini index、sort transform、next generation sequencing	碩士	101	2015-01-27	2.49 年
102	次世代定序配接序列偵測演算法實作及其效能驗證 The Implementation of a Paired-End Adapter Sequence Detecting Algorithm and its Performance Evaluation 生物資訊及系統生物研究所配接裁剪器、次世代定序、adapter trimmer、NGS	碩士	101	2014-08-06	2.01 年